在全市保持共产党员先进性教育活动准备工作部署会召开后，区委组织部即向区委常委会作了专题汇报，常委会专题研究了贯彻落实会议精神，并对做好这项工作提出明确要求。8月31日，区委组织部召开了各党(工)委负责人和组工干部会议，对先进性教育活动的准备作出具体部署，主要领导作了动员，并对准备工作提出具体要求，同时下发了《党员基本情况调查统计表》、《流动党员摸底排查情况统计表》、《软弱、涣散基层党组织情况登记表》、问卷调查表等有关表格。为加强对这项工作的领导，区委原则同意成立了主要领导任组长的教育活动领导小组，下设教育活动领导办公室，作为具体工作机构，并抽调3名政治素质好、熟悉党建工作、具有较强文字能力的工作人员，参加组织先进性教育活动的各项工作，为活动的开展提供了有力的组织保障。
为了摸清基层组织和党员队伍现状，保证党员先进性教育活动能够有效开展，我们通过召开座谈会、发放调查问卷、走访党员群众等形式，对当前基层党组织、党员队伍的情况进行一次全面深入的调查研究，确保做到三个摸清:即摸清基层党组织状况，摸清流动党员的底数，摸清了党员队伍的思想状况。我们组织专门力量，由部里领导分别带队组成四个调研组，分别到街道社区、农村、党政机关和企业开展调研，共发放各类调查问卷近千份，先后召开了社区党建座谈会、农村党建座谈会、非公企业党建座谈会及老干部座谈会等4次党建工作座谈会。调研组还重点走访了5个村组和8个社区居委会，较全面的掌握了基层党组织建设情况和基层党员的思想状况。同时我们坚持以党建带工建、团建，同时了解了工青妇等群团组织状况。全区共有基层党组织327个，其中农村基层108个、党政机关89个、企业57个、事业单位37个、街道社区32个、其他类型的5个;党员9540人，其中党政机关党员1125人，城市基层党员3391人，农村党员5024人。通过座谈，对目前软弱、涣散班子以及党员队伍的基本思想情况有了更加深刻地了解，在对目前党员队伍思想状况深入调查分析的基础上，发现了党员思想情况中存在的突出问题，基本确定了今后在党员先进性教育活动中的具体目标和重点措施。同时，教育活动办公室还要求各党工(委)对自身党组织开展调研，认真排查和整顿软弱涣散党组织。
为摸清流动党员状况，教育活动办公室通过清浦政府网站发布了《致流动党员的公开信》，并在全区各乡镇、街道社区的显要位置张贴《公开信》800多份，要求流动党员到所在社区和村党组织集中登记，确认党员身份，并听取他们对我区党建工作和经济发展的意见和建议，同时要求各级党组织为流动党员提供力所能及的服务与帮助。通过宣传，共有311名流动党员到所在地支部参加登记，其中流出党员274人，流入党员37人。并摸清了流动党员流出流入时间、去向或来源、从业情况、组织关系接转情况、参加组织生活情况，现实表现、联系方式等基本信息，便于组织开展先进性教育活动并纳入正常管理。
在基层党组织调研活动中，我们坚持边调研边整顿软弱涣散基层党组织，边健全党组织班子，边理顺党员组织关系。通过调研，我区共排查出4个软弱涣散的基层党组织，其中党政机关1个，属于班子严重缺额，特别是主要负责人配备长期不到位;非公有制企业1个，农村基层2个，均属于半年以上没有正常开展组织活动。对调研中发现的问题，我们有针对性地采取措施，及时进行解决。
在落实符合建立党组织条件、应建未建的党组织设置工作的基础上，我们积极改革和完善基层党组织设置方式，探索将党支部建在产业链上、建在楼宇上等模式，努力做到党组织全覆盖、党员全覆盖和党的工作全覆盖。突出抓好在非公企业、社会团体和中介组织中建立健全党组织工作。凡是具备条件的非公企业、社会团体和社会中介组织，都按照党章规定及时协调各方面的关系，建立健全党的组织。对国有(集体)企业改制为非公企业的，同步改建或组建党组织，并及时明确其隶属关系。对由于企业停产、半停产或破产等原因造成党组织软弱涣散或党员流动量大的，通过帮扶、整建制划转、挂靠、联建或其他组织措施，理顺党组织隶属关系。对已实现 一社区一党组织的街道社区，积极创造条件，健全支委班子。努力抓好农村、街道社区等组织中的群众自治组织以及工会、共青团、妇女组织等配套组织建设。对排查出来的软弱涣散基层党组织，我们逐一分析原因，加强分类指导，有的放矢地采取整顿措施。抓住领导班子建设这个关键，重点选好配强党支部书记。对党组织领导班子不健全的，坚持标准，选准配强。
在整顿过程中，我们注意坚持三个结合。一是整顿与教育相结合。采取多种形式，有针对性地开展政治理论、民主法制等教育培训，切实解决部分基层干部工作方法简单、作风粗暴等突出问题，提高他们的综合素质和工作水平。二是整顿与规范相结合。重视基层党组织的制度建设，指导基层党组织建立健全领导班子建设、党员队伍建设、重大事务决策、党的组织生活等各项工作制度，健全基层党建工作运行机制，提高基层党组织运转的质量和规范化程度。三是整顿与建立后备干部队伍相结合。通过公开选拔、公开招聘、跟踪培养、建立基层党务工作人才库等有效办法，为加强基层党组织建设提供高素质的人才储备。